Ao abrigo do DL 60/2018 de 03 de agosto e para dar cumprimento ao exposto no artigo 1º-A do Código dos Contratos Públicos e na Comunicação Interpretativa da Comissão - 2006/C 179/02, publicada no Jornal Oficial de 01/08/2006, o IBMC torna pública a sua necessidade de Aquisição de Microscópio Confocal de Bancada. Com a aquisição deste equipamento, o IBMC pretende dotar os seus laboratórios dos meios materiais necessários ao desenvolvimento da sua atividade de investigação e desenvolvimento no âmbito do projeto com a referência: UIDP/04293/2020. // Under Decree-Law 60/2018 of August 3rd and to comply with Article 1º-A of the Public Procurement Code and the Interpretative Communication of the Commission - 2006/C 179/02, published in the Official Journal of 01/08/2006, IBMC hereby makes known to the public the need for the Acquisition of Benchtop Confocal Microscope. IBMC intends to provide its laboratories with the necessary means to carry out their research and development activity within project with the reference: UIDP/04293/2020.

Data de Publicação de Anúncio // Announcement Publication Date: 12/06/2023

Tipo de contrato // Contract Type: Aquisição de Bens // Acquisition of Goods

Duração contrato // Contract Term: Prazo de Entrega, máximo 16 (dezasseis) semanas // Delivery Period, maximum 16 (sixteen) weeks

Condições de pagamento //Payment conditions

1. 30 % do valor da fatura - 60 (sessenta) dias após a sua emissão e receção; // 30% of the invoice value - 60 (sixty) days after its issuance and reception;
2. 30 % do valor da fatura - 30 (trinta) dias após efetuado o pagamento anterior; // 30% of the invoice value - 30 (thirty) days after the previous payment has been made;
3. 40 % do valor restante da fatura - 30 (trinta) dias após efetuado o pagamento anterior. // 40% of the remaining invoice value - 30 (thirty) days after the previous payment.

Nota: A fatura deverá ser emitida após a conclusão da entrega e instalação do equipamento e envio do respetivo relatório de instalação assinado pelo Gestor do Contrato. // The invoice should be issued after the completion of the delivery and installation of the equipment and the sending of the respective installation report signed by the Contract Manager.

Preço máximo // Maximum Price: 188 000 € (cento e oitenta e oito mil euros) // (one hundred and eighty-eight thousand euros)

Prazo de Garantia // Warranty Period: : 2 anos // Years

Continuidade de Fabrico // Continuity of Manufacturing: 10 anos //  years

Prazo limite para apresentação de propostas // Submission Deadline: 16/06/2023

PT - Especificações técnicas, mínimas, pretendidas:

• A aplicação principal do equipamento será a análise de amostras biológicas fixadas e vivas (ex. culturas celulares 2D e 3D, secções histológicas, embriões e estruturas de pequenos modelos biológicos como D. melanogaster, C. elegans, zebrafish, etc..) a nível sub-celular e que permita igualmente registar processos dinâmicos em células vivas. Assim, requerem-se um sistema de microscopia automático que gere imagens com alta razão sinal / fundo, e com sensibilidade para registar sinais de fraca intensidade e resolução espacial para a observação de estruturas sub-celulares e processos de células neuronais. O equipamento deverá permitir a aquisição medições de secções óticas multidimensionais 6D (x, y, z, t, p, λ, em todas as combinações), de amostras com marcadores fluorescentes excitáveis por luz de comprimento de onda na gama do visível (405 a 640 nm). Igualmente, o sistema deverá fazer uma gestão eficaz da iluminação através do controlo eletrónico preciso dos componentes e alta eficiência dos filtros e detetor que minimize os efeitos foto-tóxicos em experiências com células vivas, e ter capacidade de executar, de modo automático, experiências temporais durante longos períodos com grande estabilidade.
• O sistema será utilizado num contexto de infraestrutura científica com múltiplos utilizadores o que requer um equipamento com configuração muito flexível, com capacidade para se adaptar a variadas aplicações, e ainda, com um desempenho eficaz em termos de qualidade de imagem e de velocidade de operação.
• O sistema deverá ser de fácil operação, com curva de aprendizagem reduzida, ser robusto para resistir a operação intensiva num ambiente multiutilizador, e ter requisitos de manutenção reduzidos.
• O equipamento deverá ser passível de ser instalado em cima de uma bancada de laboratório convencional e operado com luz ambiente, pelo que a todos os elementos que o compõem (excepto monitor e computador) deverão estar contidos numa caixa única de dimensões reduzidas (inferiores a L x P x A: 550 x 650 x 450 mm), fechada, resistente e com um mecanismo integrado anti-vibração.
• Os movimentos em x, y e z deverão ser motorizados e com controlo preciso através de “joystick” e do software.
• O microscópio deverá estar equipado com um sistema automático de focagem que permita a rápida identificação da amostra e mantenha o foco durante as experiências ao longo do tempo e na aquisição de imagens em múltiplos campos da amostra.
• O sistema deverá permitir a aquisição de imagens da mesma a amostra nos modos de fluorescência de campo largo e confocal, bem como de campo claro por LED (incluindo de amostras transparentes).
• Iluminação de fluorescência (confocal e campo largo) por 4 linhas de laser (405 nm, 488 nm, 561 nm e 638 nm, ou similares) que permita excitar flurocromos comuns como por exemplo DAPI, Alexa 488, GFP, Alexa 568, mCherry, CY5, Alexa Fluor 647. A iluminação deverá ser uniforme em todos os cumprimentos de onda de modo a obter imagens mosaico sem marcas entre as imagens que a formam e que evite problemas uniformidade de campo na quantificação de imagem.
• O modulo confocal de varrimento laser multi-ponto deverá ser baseado em “Nipkow spinning disk” para rápida aquisição de imagem, com microlentes para otimização do fluxo luminoso, e pinholes espaçados mais de 400 um para eficaz supressão de luz fora de foco e obtenção de imagens com elevado contraste mesmo em profundidade em amostras espessas.
• A aquisição das imagens com elevada sensibilidade e resolução requererá uma camara monocromática sCMOS de 4 Mega pixels com elevada eficiência quântica (QE) (pico 82%).
• O microscópio deverá incluir um conjunto de objectivas de: 2x para localização da amostra; 20x/0.8 Plano Apocromática seca; 40x/0.95 Plano Apocromática seca; 60x/1.42 Plano Apocromática de imersão em óleo; 100x/1.45 Plano Apocromática de imersão em óleo.
• Suportes de amostras para trabalhar com laminas de vidro ou camaras de cultura de fundo de lamela (25,5 x 75,5 mm); discos de 35 mm de diâmetro e placas de cultura multipoço standard.
• A realização de experiências com células vivas requererá um incubador sobre-platina com controlo activo de humidade, regulação digital de temperatura e CO2 (a partir de fonte de CO2 puro), e anel de aquecimento de objectiva de imersão. A camara de incubação deverá ter furos para a passagem de tubos de perfusão e incluir adaptadores magnéticos para câmara em lâmina de 25,5 x 75,5 mm, dois discos de 35 mm e placas de cultura multipoços (para utilização de objetivas de imersão) com respectivos fixadores porta-amostra magnéticos; e tampa para disco 35mm com sonda para registo da temperatura ao nível da amostra. O incubador deverá ser passível de instalação sem recurso a ferramentas para utilização só quando necessário em experiências com células vivas.
• O software deverá ser de simples operação baseado em fluxos de trabalho que permita: a captura de imagens multidimensionais em x,y,z, cumprimento de onda, tempo, multi-posição e mosaico 2D/3D; a visualização em 3D incluindo durante a aquisição de imagens para monitorização do decorrer da experiência ao longo do tempo; a desconvolução de imagem baseada em GPU e integrada no processo de aquisição para rápida melhoria da razão sinal /ruido e redução fundo em imagens de campo largo; a gravação das imagens num formato raw passível de ser aberto no software de fonte aberta ImageJ/Fiji ou outros idênticos; compatibilidade com o sistema de acessos por diretoria ativa LDAP e software de proteção antivírus ESET® e Windows Defender, instalados no i3S.
• Estação de trabalho com processador de 8 cores, 64 GB RAM, 512 GB SSD para sistema operativo, 4 GB GPU, 6 TB de armazenamento de imagem, sistema operativo Windows 10; porta Ethernet a 1GB disponível para ligação à rede do i3S; monitor LED 27” QHD, rato e teclado retroiluminado com fios.

EN - Technical Specifications Requirements:

• The main application of the equipment will be the analysis of fixed and live biological samples (e.g. 2D and 3D cell cultures, histological sections, embryos and structures of small biological models like D. melanogaster, C. elegans, zebrafish, etc.) at sub-cellular level and also to record dynamic processes in living cells. Thus, an automated microscopy system that generates images with high signal to background ratio, and with sensitivity to record low-intensity signals and spatial resolution is required for the observation of sub-cellular structures and neuronal cell processes. The equipment should enable the acquisition of 6D (x, y, z, t, p, λ, in all combinations) multidimensional optical section measurements of samples with fluorescent markers excitable by light of wavelength in the visible range (405 to 640 nm). Also, the system should have an effective illumination management through precise electronic control of the components and high efficiency of the filters and detector to minimize photo-toxic effects in live cell experiments, and be able to automatically run time experiments over long periods of time with great stability.
• The system will be used in a core-facility infrastructure context with multiple users, which requires equipment with a very flexible configuration, with the ability to adapt to various applications, and also with an effective performance in terms of image quality and speed of operation.
• The system should be easy to operate, with a short learning curve, robust to withstand intensive operation in a multi-user environment, and have low maintenance requirements.
• The equipment should be able to be installed on a conventional laboratory bench and operated with ambient light, so all its elements (except monitor and computer) should be contained in a single box of reduced dimensions (less than W x D x H: 550 x 650 x 450 mm), closed, strong and with an integrated anti-vibration mechanism.
• The x, y and z movements should be motorized and precisely controlled by joystick and software.
•  The microscope should be equipped with an automatic focusing system that allows rapid identification of the sample and maintains focus during experiments over time and when imaging multiple fields of the sample.
• The system shall allow imaging of the same sample in widefield and confocal fluorescence modes, as well as brightfield LED imaging (including transparent samples).
• Fluorescence illumination (confocal and widefield) by 4 laser lines (405 nm, 488 nm, 561 nm and 638 nm, or similar) that allows excitation of common flurochromes e.g. DAPI, Alexa 488, GFP, Alexa 568, mCherry, CY5, Alexa Fluor 647. Illumination should be uniform across the field of view and in all wavelengths to obtain mosaic images without streaks between the images that form it and to avoid field uniformity problems in image quantification.
• The confocal multipoint scanning laser module should be based on a "Nipkow spinning disk" for fast image acquisition, with microlenses for optimization of the luminous flux, and pinholes spaced more than 400 um apart for effective suppression of out-of-focus light and high contrast imaging even at depth in thick samples.
• The acquisition of images with high sensitivity and resolution will require a 4 Mega pixels sCMOS monochrome camera with high quantum efficiency (QE) (peak 82%).
•  The microscope should include a set of objectives of: 2x for sample location; 20x/0.8 Plan Apochromatic dry; 40x/0.95 Plan Apochromatic dry; 60x/1.42 Plan Apochromatic oil-immersion; 100x/1. 45 Plan Apochromatic oil-immersion.
• Sample holders for working with glass slides or coverslip-bottom culture chambers (25.5 x 75.5 mm); 35 mm diameter disks and standard multi-well culture plates.
• Performing live cell experiments will require an top-stage incubator with active humidity control, digital temperature and CO2 regulation (from pure CO2 source), and immersion lens heating ring. The incubation chamber should have holes for passing perfusion tubing and include magnetic adapter holders for 25.5 x 75.5 mm slide chamber, two 35 mm disks and multiwell culture plates (for use of immersion objectives) with respective magnetic sample clips; and 35 mm disk lid with probe for recording temperature at the sample level. The incubator should be able to be installed without the use of tools for use only when necessary in live cell experiments.
• The software should be simple to operate, based on workflows, and allow: the capture of multidimensional images in x,y,z, wavelenght, time, multi-position and 2D/3D mosaics; 3D visualization including during image acquisition for monitoring the course of the experiment over time; GPU-based image deconvolution integrated into the acquisition process for fast signal-to-noise ratio improvement and background reduction in widefield images; saving images in a raw format that can be open in ImageJ/Fiji or similar open source software; compatibility with the LDAP active directory access system and ESET® antivirus protection software and Windows Defender, installed on the i3S.
• Workstation with 8-core processor, 64 GB RAM, 512 GB SSD for operating system, 4 GB GPU, 6 TB of image storage, Windows 10 operating system; 1GB Ethernet port available for i3S network connection; 27" QHD LED display, wired backlit mouse and keyboard.

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O IBMC considerará a melhor proposta apresentada aquela que tiver reunido todos os requisitos acima mencionados e com a melhor relação qualidade/preço/prazo de entrega e garantia. Em caso de empate, será considerada a melhor proposta aquela que mais se adequar aos objetivos da aquisição. // IBMC will consider as best submitted proposal the one that fulfills all technical specifications requirements and offers the best relation in terms of price, delivery time and guarantee. In the event of a tie, will be consider winner the proposal that better suits the objectives of the acquisition.