Co- Financiado por:

Projecto nº. NORTE-01-0145-FEDER-072535

02/SAICT/2020 - SISTEMAS DE APOIO À INVESTIGAÇÃO CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA (Projetos de IC&DT, Testar com ciência)

Designação do Projeto: DeepFastCoV - Avaliação de co-infecção, sazonalidade e infecciosidade do SARS-CoV-2 ao longo da pandemia de COVID-19, enquanto se implementa um diagnóstico mais rápido

Objetivo Principal: O projeto enquadra-se na necessidade de adoção de medidas extraordinárias e de caráter urgente para dar resposta à situação provocada pelo SARS-CoV-2/COVID-19. O objetivo é, não só apoiar a reorientação do i3S para realizar testes de diagnóstico mais rápidos e fiáveis, mas também acelerar o desenvolvimento de novos protocolos de diagnóstico e a investigação sobre a SARS-CoV-2/COVID-19. Queremos assim: A- Implementar um diagnóstico mais rápido sem perder a sensibilidade e a fiabilidade, investindo na automatização, no teste de colheita de saliva e na otimização do protocolo evitando a extração do RNA viral; B- Avaliar as co-infeções com o SARS-CoV-2 e o microbiota basal nas vias respiratórias superiores durante o período da pandemia, que possam contribuir para a sazonalidade deste vírus; C- Determinar através de ensaios de infeção em células pulmonares e monócitos, se a infecciosidade e a agressividade das estirpes do SARS-CoV-2 (devidamente sequenciadas) variaram ao longo da pandemia.

Data de Aprovação: 2020-12-02

Data de inicio: 2020-07-01

Data de Conclusão: 2023-06-30

Investimento Total: 341.811,45€

Investimento Elegível: 294.815,61€

Apoio FEDER: 250.593,27€

Localização do Projeto: Porto, Norte de Portugal

Síntese do projecto: Os testes são cruciais na resposta à COVID-19 e o Outono/Inverno vão pressionar substancialmente a capacidade de testagem do país. Assim, enfrentamos 2 desafios: fazer mais testes e processar mais rápido. Adicionalmente, várias questões da biologia do SARS-CoV-2 estão ainda por responder. A sazonalidade do SARS-CoV-2 é uma possibilidade dada a aparente transmissão mais eficiente no Outono/Inverno. Torna-se assim importante avaliar co-infecção com SARS-CoV-2 e como a interacção com outros agentes patogénicos/comensuais pode contribuir para a sazonalidade. Embora a taxa de mutação do SARS-CoV-2 seja baixa comparativamente a outros vírus, pelo menos um forte evento de selecção já tornou algumas estirpes mutantes mais infecciosas e predominantes. Assim, é essencial estudar a evolução da infecciosidade/agressividade do SARS-CoV-2 ao longo da pandemia.

Desde Abril de 2020 que a Task Force i3S COVID-19 colabora com as autoridades de saúde do Norte de Portugal, tendo já realizado 15.000 testes moleculares do SARS-CoV-2. O i3S foi aprovado como laboratório de diagnóstico COVID-19 pelo Instituto Nacional de Saúde (INSA) e está em processo de acreditação pela Entidade Reguladora da Saúde (ERS). Enquanto poucas instituições/hospitais portugueses têm capacidade para armazenar amostras originais, nós estamos a manter todas as amostras recebidas desde o início da pandemia. Este biobanco de amostras nasofaringeas, testadas molecularmente para o SARS-CoV-2, constitui uma ferramenta única para abordar questões de séries temporais retrospectivas.

Como instituto de investigação líder nacional e apoiado pelo seu centro de diagnóstico e recolha de amostras, o i3S encontra-se numa posição única para enfrentar estes desafios e questões. Este projecto de investigação e desenvolvimento vai apoiar a reorientação do i3S para realizar testes de diagnóstico mais rápidos e fiáveis e acelerar o desenvolvimento de novos protocolos de diagnóstico e investigação do SARS-CoV-2/COVID-19.

Vamos implementar diagnóstico mais rápido automatizando as etapas de extracção e PCR. Vamos testar a detecção do SARS-CoV-2 em saliva que é facilmente recolhida, não requer profissionais de saúde e é menos invasiva. A extracção automática de RNA viral é ainda assim demorada, pelo que vamos testar a detecção directa em amostras sem extracção prévia. Seleccionaremos 600 amostras nasofaríngeas do nosso biobanco e procederemos ao seu rastreio para avaliar co-infecção, identificar os seus biomarcadores e informar a concepção de uma ferramenta detecção específica baseada em RT-qPCR. Finalmente, vamos verificar em células cultivadas a infecciosidade/agressividade das estirpes de vírus circulantes ao longo da pandemia (devidamente sequenciadas), para avaliar a preponderância de estirpes específicas do SARS-CoV-2.

O DeepFastCoV irá assim aumentar a capacidade e rapidez dos testes do SARS-CoV-2, revelando também o impacto das co-infecções na sazonalidade do vírus e da evolução e prevalência do vírus.